Ikari, Shinji - Tercer niño,  Piloto del EVA-01   Personaje principal de la historia, hijo de Gendou es el piloto del EVA-01. Su padre lo abandono y su madre murió en un accidente, haciendo todo esto que Shinji sea un personaje retraido y callado. Al ser reclutado por la NERV para pilotear al Eva, Shinji desea vivir solo, como lo a estado siempre, pero Misato decide convertirse en su guardian y llevarlo a vivir con ella.

	Ayanami, Rei - Primer niño,  Piloto del EVA-00   Chica de catorce años, es piloto del EVA-00, unidad prototipo. Viviendo sola en un departamento Rei es una chica tranquila y en extremo callada, con una personalidad misteriosa y con problemas para relacionarse con otras personas, parece solo sentirse a gusto estando  con Gendou, y más adelante con Shinji. Su origen es oscuro y confuso.

	Soryu, Asuka Langley - Segundo niño, piloto del Eva-02   Piloto excusivo del EVA-02, a sus catorce años ya es graduada de la universidad, esta chica hermosa e inteligente, con un carácter fuerte y dominante hacia los demás, quiere demostrale al mundo que es la mejor en lo que hace. Tiende a preocuparse mucho por su apariencia y quiere la atención de todos, por lo que se esfuerza mucho como piloto.

	Suzahara, Touji - Cuarto niño, piloto del Eva-03   No es un personaje tan importante, es el piloto del EVA-03, aunque por un corto periodo de tiempo ya que este pierde el control y es destruido por el EVA-01. Enojado porque  su hermana fue herida durante la primera pelea del EVA-01, a Touji no le agrada Shinji ya que  es el piloto del gigantesco robot que lastimo a su hermana, pero luego se vuelven buenos amigos.

	Nagisa, Kaworu - Quinto niño, 17º Angel   De este personaje no se posee mucha información. El es el segundo piloto del EVA-02 debido a que Asuka ya no podia sincronizarse con el Eva a causa de un desorden mental. Kaworu se convierte en el mejor amigo de Shinji y luego se descubre que es en realidad un Angel "El Angel del Libre Albedrillo" por lo que Shinji debe matarlo.

	Ikari, Gendou - Comandante en jefe de NERV   Comandante y oficial en jefe de NERV, es el quien toma todas las decisiones. Es el padre de Shinji, pero no parece preocuparse por él, y con excepción de Rei a quien parece tenerle un gran aprecio y afecto (debido talves a que se dice, que es el clon de su difunta esposa Yui).  no le importa arriesgar la vida de los pilotos con tal de lograr su objetivo.

	Kozou, Fuyutsuki - Subcomandante de NERV   Es el sub - comandante y segundo al mando después de Gendou en la NERV. Fue maestro de Gendou y Yui en la universidad, antes de que se casaran. Sabe muchos secretos acerca de Gendou.

	Katsuragi, Misato - Comandante de los pilotos EVA   Es la guardian de Shinji,  comandante de los pilotos EVA, se preocupa y trata de no arriesgar la vida de ninguno de los pilotos. Es la única sobreviviente del grupo de expedición que fue a la Antartida, fue salvada por su padre al ponerla en un contenedor protector justo antes de que se diera el Segundo Impacto.

	Akagi, Ritsuko - Cientifico Jefe del proyecto EVA   Miembro del departamento de desarrollo tecnológico de los cuarteles de NERV. Responsable del proyecto E, es la hija de la doctora Akagi Naoko, quien construyó el sistema básico de la super computadora MAGI. Sabe mucho sobre lo que son los Evangelion, más de lo que le cuenta a Misato, de quien es amiga desde la universidad.

	Rioji, kaji - Espia del gobierno   Fue novio de Misato, estudiaron juntos en la universidad y vivieron juntos, Kaji, Misato y ritsuko solian salir juntos cuando estudiaban. Lo que no se sabe es que Kaji es un espia enviado por el gobierno japones para averiguar que es lo que realmente pasa en la NERV.

	Ibuki, Maya - Operador de NERV   Chica inocente y asustadiza, es la protegida de Ritsuko y una de los tres operadores principales de la super computadora MAGI de NERV, trabaja bajo las ordenes de Misato.

	Aida, Kensuke - Amigo de Shinji y Touji   Es el mejor amigo de Touji, le gustan las guerras, la computación y todo lo que tenga alguna relación con los Evangelions (Parece ser el único emocionado con la llegada de los Angeles). Su padre trabaja en NERV y su madre ya murio.

	Hyuga, Makoto - Operador de NERV   Uno de los operadores de MAGI. Y parece estar enamorado de Misato. Es responsable de analizar la situación del combate, el estado del piloto, etc.

	Horaki, Hikari - Representante de la clase   Es la representante de la clase, tiene dos hermanas, le gusta cocinar (en especial para touji porque esta enamorada de él)  y  se convierte en la mejor amiga de Asuka y Pen Pen.

	Aoba, Shigeru - Operador de NERV   Junto con Maya y Hyuga, es operador de MAGI. Entre sus responsabilidades están las comunicaciones  y el análisis de datos.  Pasa sus ratos libres "practicando" con su guitarra imaginaria.

	Ikari, Yui - Madre de Shinji, Esposa de Gendo, Cientifico de NERV   Ella estudió en la Universidad de Kyoto, Fuyutzuki fue su maestro, fue aquí donde conoció a Gendo y luego se casó con él. Ella trabajó en el proyecto Evangelion en GEHIRN. Murió en la prueba del EVA-01 al alcanzar una sincronización del 400%, haciendo que su alma permaneciera en el EVA. Es de ella que Gendo clonó a Rei.

	Akagi, Naoko - Madre de Ritsuko, Creadora de MAGI   Creadora de las supercomputadoras MAGI, tuvo muchos problemas por tener una relación amorosa con Gendo luego del accidente de Yui. Cuando finalizó la construcción de MAGI tiene un encuentro con Rei que la hace enfurecer, por lo cual la mata y luego se suicida.

	Pen-pen - Mascota de Misato   Compañero de cuarto de Misato, Pen-pen, un pingüino de agua caliente, era originalmente un experimento, pero Misato lo adoptó y decidió llevarselo a vivir con ella. Su cama esta dentro de una nevera.